为保证航空器及货物安全，确保航空公司利益，货运站把安全作为首要工作，并不断致力于改善其管理和控制。
1. 对货物及人员的控制
1.1 对货物的控制对于代理或货主所交运的离航班起飞前24小时以内装机的出港货物，按民航总局有关规定，必须经过安全检查或其他的安全检查措施，货运站确认货运单上的安检章接受货物入库；对于整板箱等无法安检的出港货物，保证其交入库区存放时间24小时后装机。交货代理或货主不得接触已经安检并交入库区的货物，以确保库区内货物的安全。
1.2 对人员的控制货运站聘用受过特别训练的护卫人员，对货运站设施执行24小时安全值守。非持证人员一律不得进入库区。临时进入库区的人员，需办理临时通行证由货运站工作人员陪同方可入内。
2. 贵重及易损物品安全
贵重货物被存放在贵重品仓库内，贵重品仓库的操作必须按严格的操作和登记程序由2人以上共同进行。贵重品仓库有两道卷帘门,两道门间装有红外线报警装置，一旦有人员入内，即可发出声光报警，由货运站安调室人员通过监视器确认所进入的人员。贵重货物仓库内安装有低压CO2系统，在发生火灾意外时，喷出的CO2气体可将火焰熄灭，这样可避免用水灭火时对贵重物品造成的损失。
易破损物品存放在库区的一个用围栏隔开的专用区域，全天24小时监控。
3. 危险品管理
在远离货运站主仓库约50米处，建有危险品仓库。各类危险品可按其等级和分类分别存放于10个独立的危险品库房内。放射性危险品库房内安装有射线探测仪，随时监视库房内α、γ射线剂量。一旦存放的危险品发生异常，可迅速通知公安、消防等相关部门采取措施。货运站非常重视选派员工参加 IATA及相关航空公司组织的危险品操作培训，以使他们掌握危险品的运输、存储和搬运等的基本知识。
4. 监控系统
货运站在其各主要部位设置了由数量众多只探头组成的CCTV监控系统，并实施24小时专人监控和录像，图像资料保存一个月。
5. 库区防火
货运站消防设施设备有火灾自动报警系统、自动喷水灭火系统、室内消火栓系统，一期货站就有500多个温感及烟感探测器、12套预作用报警阀、2台消防泵、4台喷淋泵、6000余只喷头等消防设备。
一旦火灾发生，火焰所引起的高温、烟尘被系统感应后，即刻被消防报警控制柜接受，并发出声光报警，水泵等相关设施随之自动启动，喷水灭火。
消防报警控制柜由机场消防保障部派员24小时监视，并巡视保证所有消防设施设备处于良好的工作状态。
旨在最大限度的降低灾害损失，有关人员被要求在接到火灾报警3分钟内到达火警现场，及时采取措施。